O regime dos cursos de Mestrado e Doutorado em Engenharia de Processos é trimestral. O curso de Mestrado tem duração mínima de 18 meses e máxima de 24 meses, devendo o aluno validar um total mínimo de 21 créditos, distribuídos em: 9 créditos referentes às disciplinas obrigatórias, 6 créditos às disciplinas optativas e 6 créditos destinados às atividades complementares programadas.

O curso de Doutorado tem duração prevista de 48 meses, devendo o aluno validar também um mínimo de 21 créditos, distribuídos da seguinte forma: 9 créditos em disciplinas obrigatórias ou optativas e 12 créditos em atividades complementares programadas. Alunos de doutorado cuja formação prévia não seja em Engenharia Química deverão cursar obrigatoriamente 9 créditos em disciplinas obrigatórias do programa.

A primeira fase dos cursos compreende disciplinas obrigatórias e optativas que visam uniformizar conceitos fundamentais e capacitar os estudantes no uso de ferramentas essenciais para as etapas subsequentes. Cada disciplina tem carga horária de 45 horas (3 créditos) e é cursada em períodos trimestrais. Os estudantes deverão selecionar as disciplinas necessárias para completar a carga total exigida pelo seu curso, garantindo uma formação acadêmica sólida e coerente com as linhas de pesquisa do programa.

Disciplinas:
Matemática Básica
Redação Cientifica
Equilíbrio de Fases Aplicado
Fenômenos de Transporte
Cinética e Processos de Reatores Químicos
Cinética e Processos de Reatores BioquímicosAdsorção
Bioenergias e Biocombustíveis
Biotransformação e Biodegradação
Catálise Aplicada
Eletrocatálise
Eletroquímica
Energia e Meio Ambiente
Estabilização de Enzimas e Células
Fotocatálise Heterogênea
Modelagem e Otimização de Processos
Planejamento de Experimentos
Processamento de Alimentos
Processamento de Biomassa a Alta Pressão
Processamento de Materiais a Alta Pressão
Processos Oxidativos Avançados
Separação e Purificação de Proteínas
Solventes não Convencionais
Tecnologia de Petróleo e Gás Natural
Termodinâmica Avançada
Cromatografia Avançada
Reatores Eletroquímicos
Tópicos Especiais em Engenharia de Processos A
Tópicos Especiais em Engenharia de Processos B
Tópicos Especiais em Engenharia de Processos C
Tópicos Especiais em Engenharia de Processos D
Tópicos Especiais em Engenharia de Processos E
Caracterização de Materiais

A segunda fase dos cursos de Mestrado e Doutorado corresponde ao desenvolvimento da pesquisa da dissertação ou tese, respectivamente, sob orientação de docente(s) do PEP. Durante esse período, serão realizados seminários de acompanhamento, sem atribuição de créditos, mas com avaliação por uma banca composta por professores do PEP.

A dissertação de mestrado deverá ser defendida em sessão pública perante uma banca examinadora, e o estudante aprovado receberá o título de Mestre em Engenharia de Processos. O prazo máximo para conclusão e defesa é de 24 meses, contados a partir do início do primeiro trimestre.

A tese de doutorado deverá ser igualmente defendida em sessão pública perante uma banca examinadora, conferindo ao estudante aprovado o título de Doutor em Engenharia de Processos. O prazo máximo para conclusão e defesa da tese é de 48 meses, contados a partir do início do primeiro trimestre.