O Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Processos (Mestrado e Doutorado) mantém uma Comissão Interna de Bolsas, constituída de 3 docentes permanentes do NDTR, com o objetivo de cuidar da captação de bolsas de estudo junto às principais agências de fomento do país e de Sergipe, entre as quais a CAPES, o CNPq, a FAPITEC/SE e a ANP. Além disso, a Comissão Interna de Bolsas tem o papel de captação de taxas de bancada e outras formas de apoio aos alunos do curso, através das agências de fomento e de empresas interessadas em financiar projetos inseridos nas linhas de pesquisa pertencentes ao programa.

Atualmente, há possibilidade de bolsas de estudos do programa PROSUP/CAPES, bolsas da FAPITEC, bolsas da própria Unit ou ainda por intermédio de projetos de pesquisa executados pelos docentes.