Os projetos conduzidos em ambas as linhas de pesquisa do PBI têm uma relação muito íntima com as necessidades e anseios do parque industrial instalado na região e no país.

Na linha de PROSPECÇÃO E CONVERSÃO DE PRODUTOS VEGETAIS E ANIMAIS DA REGIÃO NORDESTE, o PBI conduz diversos projetos de pesquisa nas áreas de bioenergia, enzimas, prospecção e transformação de recursos vegetais para a saúde, além do desenvolvimento de técnicas biotecnológicas. Esses projetos contam com o apoio direto de instituições como a Petrobrás Nacional, ANP, Petrogal, CNPq, Banco de Desenvolvimento do Nordeste (BNB), Empresa de Desenvolvimento Agropecuário do Estado de Sergipe (EMDAGRO), Aura Química, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), SEBRAE/SE, além de empresas privadas de energia, como GALP Energia (Portugal) e Camo Energy, entre outras.

Na linha de pesquisa em MICROBIOLOGIA APLICADA PARA O DESENVOLVIMENTO DA REGIÃO NORDESTE também se destaca pela sua inserção direta nas indústrias, e nas necessidades da comunidade sergipana. Além disso, mantém uma estreita interação com órgãos estaduais e da região Nordeste, como o Banco de Desenvolvimento do Nordeste (BNB), a Empresa de Desenvolvimento Agropecuário do Estado de Sergipe (EMDAGRO), a Fundação de Apoio à Pesquisa e à Inovação Tecnológica do Estado de Sergipe (FAPITEC/SE), o Sergipe Parque Tecnológico (SergipeTec) e o SEBRAE/SE, entre outros.